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公共工事や物品調達で不正行為が確認されたり、談合や偽装など重大な違反があった業者に対しては、自治体や国の機関が一定期間その業者を指名停止にする制度があります。これは、公共調達から業者を排除することで再発を防止し、公正な取引を維持する目的です。指名停止措置が下される理由としては、談合事件への関与、不正な積算や虚偽書類の提出、重大な契約違反、贈賄などが典型的です。指名停止期間は違反の種類や悪質性、過去の違反歴などを考慮して3か月から2年程度までさまざまに設定され、期間中は公共工事の入札や契約に参加できなくなります。

公共調達における透明性を高めるため、入札情報公開制度が各自治体や国の機関で整備されています。一般的には、落札結果や落札価格、入札参加業者の名称、予定価格（事後公表の場合）などが公開対象となり、市民が閲覧できる形でホームページや掲示板で告示されます。一方、入札書そのものの詳細や秘密情報に当たる部分は、業者のノウハウ保護や公共の安全保障の観点から非公開となる場合が多いです。情報公開条例や公文書管理法の規定によっては閲覧請求ができるものの、個別の事情で開示が制限されることもあるため、一概に全てが公になるわけではありません。

公共工事や物品納入契約では、工期の遅延や仕様違反があった場合に発注者がペナルティを科す条項が盛り込まれます。具体的には、遅延損害金を1日あたり契約金額の一定割合で算定したり、仕様を満たさない場合には再納品や修理を求めるだけでなく違約金を徴収するなど、公共調達法や自治体の契約規則に準じたルールが存在します。契約者（請負業者）は、こうした条項を理解したうえで、万が一工期に間に合わない可能性があるときは事前に協議を行い、工期変更の手続きを踏む必要があります。さもないと遅延損害金が膨大になり、採算割れで経営を圧迫する事態に陥る場合もあります。

上下水道や公営交通、公営病院などの公営企業も、地方公営企業法や特別法に基づいて運営される公共的機関であるため、物品・工事・業務委託の調達では公共調達法の基本原則が適用されます。ただし一般会計とは別の事業会計を持っており、独自の入札規則や運営ルールを定めているケースが多いです。たとえば上下水道事業なら、水道法や下水道法上の規定も絡んでおり、技術的要件が専門性を帯びる場合、指名競争入札や総合評価方式を使い分けることがあります。公営企業だからといって自由な契約が許されるわけではなく、競争入札と透明性を確保する仕組みが原則です。

総合評価落札方式では、価格点と技術点を合算して落札者を決定しますが、その技術点を算定するプロセスに不透明感があるとして不服を申し立てる業者もいます。例えば審査員の評価基準が曖昧で、同程度の提案なのに大きく点差がついたり、明らかに実績の乏しい業者が高得点を得ているなどの疑念が挙げられます。公共調達法上、入札結果への異議申立手段が整備されている自治体もありますが、多くの場合、裁判で争うにはハードルが高く、実際は行政不服審査や監査請求などを経ても評価手続きが尊重されるケースが少なくありません。

公共事業を受注した元請業者が下請業者に仕事を発注する際、下請代金の支払い遅延や減額が常態化していると「下請法（下請代金支払遅延等防止法）」違反に問われる可能性があります。特に大手ゼネコンが中小の下請業者に対して優越的地位を濫用し、過剰な値引きや不当な追加要求を行えば、公正取引委員会による調査・指導が入り得ます。公共調達では適正な価格形成が求められ、元請業者が落札した価格を下請に押し付けるばかりだと、工事品質の低下や下請企業の経営不安につながります。

公共工事で完成図書や検査書類を電子納品とするルールを義務づける発注機関が増えています。これにより、施工業者は図面や写真、書類をデジタルデータで提出し、CDやオンラインシステムを使って納品する形となり、紙の書類が大幅に削減されます。一方、電子納品に対応するためには作図ソフトやデジタル写真管理などのシステムを整備し、一定のデータ形式やファイル命名規則を守る必要があり、業者に追加コストや研修が必要となる場合があります。公共調達法としては、政府全体のIT化推進の一環で電子納品を広げたい意向があり、将来的にはBIM/CIMやAIを活用した完了検査なども視野に入ってきています。

公共調達の枠組みで、大手元請が下請企業に対して女性活躍推進や障害者雇用などポジティブ・アクションを義務化する試みがあるかどうか、議論されています。例えば、一定割合以上の女性技術者を配置した企業に加点するといった仕組みが検討対象ですが、実際に法制度として強制するのは難しく、自治体レベルで独自の試みがある程度です。公共調達法では競争の公平性と透明性が優先されるため、あまりに特定の属性を優遇すると、差別との境界線が曖昧になり、反発や法的懸念が生じる可能性があります。

大規模なITシステム開発や複雑な都市計画プロジェクトでは、複数の企業や団体がコンソーシアム（共同体）を形成し、連名でプロポーザルに参加するケースが増えています。これは各参加企業の得意分野を融合することで高品質な提案を行いやすくなり、公共側も一社ではカバーしきれない領域をトータルサポートできるのがメリットです。ただし契約形態を明確にしないと、責任分担が曖昧となり、万が一問題が発生した際にどの企業が費用やリスクを負うのか紛争が起きる可能性があります。JV（共同企業体）とは異なり、コンソーシアムは単に協働提案の枠組みにとどまる場合もあるため、公共調達法の下で契約者をどのように位置付けるか注意が必要です。

公共調達において落札者が決定し通知したのに、業者側が何らかの事情で契約を辞退した場合、入札保証金が没収されるか、違約金が発生する可能性があります。このとき、発注者としては次点落札者と契約を交渉できるのか疑問が生じますが、原則として次点落札者と直ちに契約するのではなく、新たに再度入札や再公告を行うのが建前です。ただし、入札公告時の条件に「次点者との随意契約もあり得る」と明示している場合や、緊急性が高い案件で時間の余裕がない場合などは、次点落札者と直接契約を締結できる場合があります。